Столкнулся с данной фичей. Разработчики в целях увеличения безопастности запрещают держать корневой каталог при chroot с правами на запись.
Есть два варианта решения.
1) allow_writable_root=YES Из недостатков — во многих дистрах линукс надо будет скорее всего ручками перебирать из исходников.
Т.к. по умолчанию этой опции нет. Во фре необходимо собирать пакет vsftpd-ext
2) Выполнить для каталога, куда chroot-тится пользователь виртуальный:
chmod a-w