В моем случае вариант с установкой expire_logs_days=7 в my.cnf и рестартом мускуля не помог. Последующий mysql> flush logs; тоже не привел к результату желаемому.
Желание очистить почти 50 гигов места привело в оффициальную документацию. Спасла команда:
mysql> PURGE BINARY LOGS TO 'имя лога до которого вы хотите убить бинарники';